วัดพระพุทธบาทห้วยต้มประกาศตั้งวัดเมื่อ พ.ศ. 2533 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2534
ความเป็นมาของวัดพระพุทธบาทห้วยต้มซึ่งเรียบเรียงโดย นันทวัน กล่าวถึงเมื่อครั้งพุทธกาล สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าได้เสด็จไปโปรดเวไนยสัตว์ในที่ต่าง ๆ พระพุทธองค์เสด็จมาถึงดงไม้ตาลแล้วขึ้นประทับบนจอมดอยแห่งหนึ่ง เรียกว่า ดอยนางพี่ ได้ประทานพระเกศาธาตุ 1 เส้นให้พวกละว้าที่มาเฝ้าอยู่ ณ ที่นั้นบรรจุไว้ในพระเจดีย์ ต่อมาเรียกว่า ดอยนางนอนจอมแจ้ง (เพราะเสด็จมาถึงที่นั่นตอนรุ่งเช้า) ต่อมามีพญาเมืองเถิน พ่อฤาษีและหมอพรานอีก 8 คนหาบเนื้อสดเดินมาพบเข้า ขณะที่ไม่มีอะไรมาถวาย พระพุทธองค์ก็ยังไม่ได้ฉัน พวกพรานจึงเอาเนื้อไปกองรวมกันไว้ พวกละว้าที่อยู่ในบริเวณนั้นจึงไปต้มข้าวมาถวาย สมเด็จพระจอมไตรจึงทรงรับมาฉันและให้ศีลให้พรพวกละว้า พระพุทธองค์จึงทรงประทับรอยพระบาทไว้และทรงรับสั่งว่า “ถ้าผู้ใดปฏิบัติได้ตามที่พระพุทธองค์ทรงสั่งสอนก็เหมือนอยู่ใกล้ ถ้าไม่ปฏิบัติก็เหมือนอยู่ไกล” และได้พระราชทานนามว่า ห้วยต้มข้าว ต่อมาเรียกเพี้ยนเป็น ห้วยต้ม จึงเป็นที่มาของชื่อวัดพระพุทธบาทห้วยต้มในปัจจุบัน
วัดมีพระธาตุเจดีย์ศิลปะล้านนาผสมพม่า เป็นทรงแหลมเรียวรายล้อมด้วยเจดีย์ขนาดเล็กอีก 16 องค์ ภายในศาลารอบองค์พระธาตุเจดีย์จะมีรูปปั้นของเกจิอาจารย์ชื่อดังของประเทศกว่า 30 องค์ และภายในศาลาหลังใหญ่ยังเป็นที่ตั้งศพของครูบาชัยยะวงศาพัฒนาบรรจุในโลงแก้ว บริเวณด้านเหนือของวัดเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธรูปพระเจ้าเก้าตื้อจำลองซึ่งประดิษฐานอยู่ในมณฑป ได้จัดให้มีพระราชพิธีบรรจุพระบรมสารีริกธาตุไปเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม พ.ศ. 2544 ภายในวัดยังมีสิ่งก่อสร้างทำจากศิลาแลง ขุดได้จากบ่อศิลาแลงด้านหลังของวัด+
